近年來，世界各國都出現了一些影響很大的關于肉及肉制品安全的問題。如首先發現于英國并殃及全世界的可能使人患上類似于瘋牛病的克雅氏癥，在美國和日本等國家發生的以牛肉漢堡為主的大腸桿菌食物中毒，歐洲比利時等國發生的嚴重影響養禽業和人體健康的二惡英事件，法國的李斯特桿菌污染事件，以及目前仍在世界各地流行的口蹄疫和禽流感等，這些事件的發生不但對世界畜牧業造成了重大的經濟損失，甚至還嚴重危害了人民的生命。這些事件的發生歸根結底主要是由致病性細菌、霉菌、毒素等對肉類食品造成的生物性的污染。清楚這些微生物污染源并且建立有效的預防與解決方法，今后對排除肉制品安全的隱患具有重大的意義。
肉制品中微生物的來源
市場上銷售的肉類產品一般分為生肉與熟肉，即新鮮肉與熟肉制品。由于肉類本身富含營養物質，具有豐富的蛋白質，水分以及糖原。其中高含量的蛋白有利于不發酵性細菌的生長，這些細菌能利用蛋白和它的分解產物作為氮、碳和能量的來源。而其中還含有一些可發酵的碳水化合物（糖原），糖原的含量與宰殺前的機體生理狀態有關，糖原充足時，發酵型的細菌一樣能生長繁殖。高PH值有利于細菌生長，而低pH值則生長緩慢。因此是很多微生物培養生長的溫床。
肉制品所受到的微生物污染的來源也都主要有以下幾個環節：
1. 原料本身所帶來的污染隱患
動物本身帶有很多微生物源。在牛、豬、羊的皮上和毛中富含微生物，它們將會是肉的重要污染源。有數據表明，牛皮上含菌105~107/cm2，豬皮上含菌105~1012/cm2，在未經洗滌的羊毛中，也同樣帶著大量的細菌，如葡萄球菌、微球菌、假單胞菌、酵母菌和霉菌等正常菌叢，還有來自糞便和土壤的細菌。同時動物腸道中也存在的一些菌叢，這樣，在動物屠宰過程中可能會不可避免的造成胴體污染，而最終導致剛屠宰完的新鮮肉也有可能被微生物污染而加速腐敗。
而當動物體被宰殺后，新鮮動物肉中存在有各種酶，有機體內各種酶類的拮抗作用消失。酵解酶和分解酶就開始發揮作用，將有機體迅速分解，肌漿大量釋放，此時肉的組織結構較疏松，表面積大大增加，其間有多量的肌間結締組織，極有利于細菌的繁殖和蔓延。
2. 加工過程中的污染
在屠宰操作過程中，環境潮濕、工作者的手、臂和衣服上沾有血和碎組織，會使動物胴體又再次被污染。曾有報道，在一天工作作業完畢后，從剝皮者的衣服上刮下來的標本中可以檢出30億個菌/g
或3000萬個菌/cm2。
有人經過調查超市中的冷卻肉在加工環節上的污染情況時發現，新鮮肉在經過細分割后肉品的污染狀況較為嚴重，并且隨著分割度越高，微生物污染也就越嚴重。如市場上有很多新鮮肉采用絞碎成絞餡出售的，當肉被絞碎后，肉的暴露面增大，受細菌污染的機會越多，特別是需氧菌易于生長，因此絞碎的肉更易腐敗，碎肉的細菌總數要比較為完整的肉高上10~100倍。并且在超市中用于分割的刀具和案板的微生物污染也較為嚴重，存在著顯著的危害。
熟肉制品除了在原料以及加工環節上和新鮮肉一樣有被污染的可能之外，一般在熟肉制品中還常存在以下幾種對人體危害較大微生物，如沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、小腸結腸炎耶爾森氏菌、副溶血性弧菌、蠟樣芽孢桿菌、產氣莢膜桿菌是可能在肉上檢出的病原菌，偶爾也存在肉毒桿菌。
在這些病原菌中，沙門氏菌是引起肉食品中獨得最為常見的一種病原菌，在許多國家中，由肉或肉制品中沙門氏菌引起的食物中毒爆發最多，而且異型的沙門氏菌（血清型）可以通過進口含有沙門氏菌的飼料，導致畜圈中發生交叉感染，很有可能會從一個國家傳入另一個國家。致瀉性大腸埃希氏菌，主要是由于熟肉制品未經徹底加熱，或加工過程中造成的交叉污染造成；副溶血性弧菌，主要是熟肉類食品
烹調時未燒熟、煮透，或熟制品污染后未再徹底加熱造成的。蠟樣芽孢桿菌，則是由于肉類食品在食用前保存溫度較高(20℃以上)和放置時間較長所造成。肉上常有少數葡萄球菌，有動物源性與人源性，主要來源是由于人操作而帶來的污染。
肉制品產生腐敗變質的原因
在肉的保存過程中，出現很多肉制品腐敗變質的現象，這里很大原因都是由于受到微生物的污染而導致的。
在有氧條件下，最為常見的就是隨著保存時間的延長以及溫度的升高，肉表逐漸變粘，并產生異味。肉表開始逐漸出現水蒸氣的小點，以后逐漸變大，產生奶油白色并融合形成均勻的一層，觸摸時有粘感，肉中蛋白質高度水合，自由氨基酸和核苷酸大大降低。
引起發粘的菌屬有假單胞菌，產鹼桿菌、微球菌、鏈球菌等。并且溫度和濕度影響群落的結構，在冷藏溫度下（4~10攝氏度），高濕度有利于嗜冷的假單胞菌進行生長繁殖；低濕度則微球菌和酵母菌生長；濕度再低則霉菌生長。較高溫度下，微球菌和其他嗜溫菌如鏈球菌、腸道桿菌代替了嗜冷菌。變粘的時間與保存溫度成反比，即隨著保存溫度逐漸升高，原始菌數越來越高，變粘時間也大大縮短了。而產生的異味也是有這些細菌在代謝過程中產生揮發性酸如甲、乙、丙、丁酸產生的。放線菌使肉成泥土氣。
肉制品變色則是當氧張力低，pH或更高時，一種假單胞菌產生H2S，H2S又使肌紅蛋白變為綠色的磺基肌紅蛋白，由于色素細菌所致的各種顏色，如紅點可能由粘質沙雷氏菌或其他產紅色細菌所致；產藍假單胞菌使肉表呈藍色；黃色是由產黃色素的細菌如微球菌或產黃桿菌等所致；脂肪表面的著色是由黃色球菌和桿菌所引起的，當脂肪腐敗時產生過氧化氫,脂肪顏色的變化黃色——綠色——紫色。酵母能產生色素，可使肉變為乳白、粉紅或褐色。肉表受青霉菌和分枝孢子軍侵害并穿透到結締組織和脂肪淺層，出現變色點。分枝孢子菌尤為常見。
由于毛霉菌目、枝霉屬、毛霉屬和根霉屬的存在，肉制品于冷藏狀態下也會產生灰色到黑色的絨毛狀或絮狀菌絲。
預防措施
1.
完善現有的《食品衛生法》。進一步健全生產，市場流通監督管理體系，建立從土地到餐桌的食品安全衛生監管體系。強化法制教育，加大宣傳力度。
要求全程監督動物的飼養，將產地檢疫落實到位。
肉品的檢疫還要從源頭抓起，因為動物健康的生長，是確保肉品品質的前提。所以對動物飼養過程要進行全程監控，把好動物衛生檢疫的源頭關，避免動物在飼養中即被微生物、寄生蟲以及其他一些獸藥、農藥及工業廢物污染，為以后的市場流通，消費者食用留下隱患。
在屠宰中，要嚴格執行定點屠宰。要嚴把三道屠宰檢疫關，即做好宰前檢疫，宰中檢疫和宰后檢疫，做到發現病害以及被污染動物按照無害化處理章程及時進行處理。還要對屠宰點實行市場準入許可制度。從行政管理制度上保證肉品衛生安全。
對于加工肉制品的企業，同樣也要做好嚴把企業質量管理關。并努力與國際接軌，采用HACCP、GMP等先進、規范的管理系統。
2．優化生產工藝，盡可能的杜絕污染源
屠宰工藝中，要注意杜絕加工步驟中細菌的污染源。在剝皮之前，必須對畜禽進行宰前檢驗，并用大量清水以及一些藥水如一定濃度的乳酸或是次氯酸沖洗動物體，以將身體所帶細菌量降至最低；進行燙洗工藝時，選擇好的燙洗方式將會降低細菌總數，我國許多屠宰企業已改傳統的大池燙毛為蒸汽燙毛，這樣也可以降低微生物在胴體上的附著能力并將部分微生物殺死，采取開膛和劈半后的清洗也是減少胴體微生物污染的又一重要步驟；快速冷卻能減少細菌侵入組織的速度。生產工藝中，一般對動物胴體應采用快速二段冷卻法（-20℃1.5~2h，0~4℃12~16h）。在規定時間內使動物胴體溫度降到4℃以下。因為在冷藏的溫度4~10℃，嗜冷菌易于生長，酵母和霉菌也能緩慢生長。一般大氣溫度，嗜溫菌和大腸桿菌群、需氧菌和厭氧菌均能迅速繁殖。而4℃的條件下，僅部分嗜冷菌可生長，但生長也很緩慢。與此同時，保證良好的操作環境也有利于延長產品的保質期。
3．加大檢驗力度，提高檢驗技術水平
在以上各個環節中希望可以加強檢驗力度也是很重要的，針對肉以及肉制品的生產以及流通中的各個環節，進行跟蹤式的檢驗。為確保肉制品的安全做好強有力的保證。此外仍需加強肉制品生物檢測的理論技術研究，重視檢測隊伍素質的提高，不斷加強檢測方法和檢測標準的研究。